Durante muchos años se lo ha considerado injustamente un caudillo déspota, traidor y cobarde. Sin embargo, el tiempo y un análisis más serio de su vida y obra, dejan en claro que su actuación en la guerra de la Independencia argentina fue absolutamente crucial y sin su estrategia, no hubiera sido posible defender el norte del país después de las derrotas que había sufrido el Ejército del Norte, ni hubieran sido posibles tampoco las campañas de San Martín.
Martín Miguel de Güemes libró una constante guerra defensiva, conocida como Guerra Gaucha, con muy escasos recursos y el mínimo apoyo del ejército y de Buenos Aires gobernada por aquel entonces por el Director Supremo Rondeau. Sin embargo gracias a su guerra de guerrilas, mantuvo al resto del territorio argentino libre de invasiones realistas.
Su ejército estaba formado por gauchos del campo, improvisados e indisciplinados, pero contó con el apoyo de su pueblo, que lo consideraba protector de los pobres y partidario de la Revolución. Todo el mundo participaba en la lucha: como guerreros los hombres, como espías o mensajeros las mujeres, los niños y los ancianos. Las emboscadas se repetían en las avanzadas de las fuerzas de ataque, pero más aún en la retaguardia y en las vías de aprovisionamiento. Cuando los realistas se acercaban a un pueblo o una hacienda, los habitantes huían con todos los víveres, el ganado, cualquier cosa que pudiese ser útil al enemigo.
Aun así, no logró muchos aportes de recursos de parte de la clase adinerada, que desconfiaba de la gesta patriótica. Es en esta época cuando se evidencia la figura de su hermana María Magdalena "Macacha" Güemes como una de sus principales colaboradores.
Cuántos dolores de cabeza habrá tenido don Martín por el desprecio que le mostraban desde Buenos Aires a sus huestes y a su lucha desigual. Hasta tuvo que soportar que lo llamaran cobarde, porque no participaba activamente de los combates, ignorantes aquellos que desconocían la razón: Don Martín era hemofílico, y cualquier herida le causaría la muerte, dejando sin líder ni estratega a su gente.
Primero fue el ejército de Pezuela, después el del experimentado mariscal De la Serna con 5.500 soldados profesionales y después el del general Juan Ramírez Orozco con 6.500, todos fueron rechazados por los desordenados e indisciplinados gauchos de Güemes.
En 1921, el cabildo de Salta, formado por las clases altas de la ciudad, cansadas de pagar las contribuciones que exigía Güemes, lo acusó de “tirano” y lo declaró depuesto. Muchos de sus miembros se habían puesto de acuerdo con el general Olañeta para entregarle la ciudad. Este envió al coronel Valdez por un camino desierto guiado por miembros de la familia realista Archondo. El 6 de junio se enfrentó con el viejo gaucho que resultó herido de bala.
Don Martín murió diez días después, el 17 de junio de 1821, a la intemperie, en un catre improvisado por el Capitán de Gauchos Mateo Ríos, en la Cañada de la Horqueta (cerca de la ciudad de Salta). Tenía 36 años y fue el único general argentino caído en acción de guerra externa.
En Buenos Aires, la noticia del fallecimiento del general Güemes fue publicada bajo el título "Ya tenemos un cacique menos"; el artículo que lo anunciaba demostraba más alivio por la muerte de un enemigo ideológico que pesar por la pérdida de la ciudad de Salta en manos realistas.
Sin embargo, apenas unas semanas después de su muerte, sus hombres expulsaron definitivamente a los realistas de Salta. Fue la última invasión realista al norte argentino, con lo que Güemes, aunque no llegó a verlo, finalmente venció a sus enemigos.