John Francis Pastorius era hijo de un renombrado batería de Jazz, y desde su infancia los sonidos negros estuvieron a su alrededor. A los 7 años, Jaco Pastorius se trasladó junto a su familia a Fort Lauderdale, en Florida. En esa localidad tuvo la oportunidad de enriquecerse con una amplia gama de estilos musicales.
Jaco era originalmente batería, pero empezó con el bajo eléctrico al romperse la muñeca a la edad de 13 años. Jaco Pastorius fue descubierto por el público en general cuando se unió en 1975 en una grabación en el Teatro Guzmán de Miami al grupo Weather Report. Ese mismo año Jaco Pastorius apareció como invitado en un álbum del guitarrista Pat Matheny y desde entonces se convirtió en una figura carismática sobre el escenario, y la crítica hablaba de él como un músico extraordinario.
Después Pastorius formó su propio grupo, Word of Mouth, y, si desde entonces el éxito musical estuvo ya consolidado para siempre, también las drogas se cruzaron en su vida. Jaco fue arrestado una vez durante el tour de 1982 por recorrer Tokyo desnudo en una motocicleta. En 1983, saltó desde el balcón de un hotel en Rimini, Italia, y se rompió la muñeca izquierda y tres costillas. Varios arrestos policiales, conducta errática y desordenada, actitud desafiante y casi violenta con el resto de los músicos de su grupo, fueron una constante en su vida en estos primeros años de la década de los ochenta.
El verano de 1986 fue una completa pesadilla que culminó, gracias a los esfuerzos de sus hermanos, con Jaco Pastorius internado en la Clínica Psiquiátrica del Hospital Bellevue, en Nueva York. Permaneció allí seis semanas, pero cuando salió, pasó poco tiempo para que su estado físico y psicológico empeorase. El alcohol y las drogas sólo consiguieron que los médicos le diagnosticaran un estado mental maniaco-depresivo, y sus acciones eran totalmente inesperadas. Tomó por costumbre vagar por las calles y convivir con mendigos y vagabundos, de quien se haría amigo tocando para ellos.
El fin vino bruscamente en la madrugada del 12 de septiembre de 1987. Después de haber sido expulsado de un concierto de Santana por tratar de subirse al escenario, Jaco Pastorius fue al Midnight Bottle Club, un club de mala muerte en Wilton Manor, Florida. Cuando le prohibieron la entrada, intentó entrar a la fuerza y el portero del club, experto en artes marciales, se lo impidió con violencia y le fracturó el cráneo. Jaco Pastorius, llegó en coma al Centro Médico General Broward, donde al cabo de unos días, el 21 de septiembre de 1987, falleció. Tenía sólo 35 años.