Bouchard se transformó en ciudadano argentino en el año 1813. En 1815 regresó a la Marina, bajo el comando del Almirante Guillermo Brown. En 1817 capitaneó su buque, “La Argentina“, en la primer circunnavegación al globo de un navío de bandera argentina. La travesía se extendió dos años, e incluyó ataques contra buques y territorios del Imperio Español.
Si bien era considerado por sus víctimas como un pirata, en realidad se trataba de un corsario del por aquel entonces joven estado libre de las Provincias Unidas del Río de la Plata (el antecesor directo de la actual República Argentina), ya que poseía “licencia corsaria” para operar contra toda propiedad española en todo el mundo.
Tras liberar esclavos en Madagascar, África, repeler cinco ataques de piratas malayos, y reprimir un motín en el navío “Santa Rosa“, cuya capitanía cedió a Sir Peter Corney, Bouchard navegó hacia las Islas Sandwich (hoy Hawai) para reclutar nueva tripulación, trabando amistad con el Rey Hamehameha, quien pone a su disposición 100 hombres. La flota integrada ahora por franceses argentinos y hawaianos, puso proa a California, llegando a su capital por aquel entonces, Monterrey, el 22 de julio de 1818. Tras duros combates logró tomar el fuerte e hizo ondear la bandera argentina por seis días en California.
Posteriormente fondeó frente a la costa de la Misión Santa Bárbara y amenazó al pueblo cercano. Los sacerdotes armaron y entrenaron 150 de sus conversos y se prepararon para el ataque. Con su ayuda, los soldados del Presidio de Santa Bárbara enfrentaron a Bouchard, quien abandonó el puerto sin atacar.
El 22 de diciembre de 1818, el corsario dirigió a “La Argentina” y la “Santa Rosa” hacia la Misión San Juan Capistrano, enviando una comitiva con la demanda de ser provistos con víveres y otras vituallas. Los soldados de la guarnición, al tanto de los antecedentes de Bouchard, (tildado como el pirata de California) y sus recientes ataques contra los asentamientos de Monterrey y Santa Bárbara, rechazaron la demanda y amenazaron con represalias contra el “pirata”.
La respuesta de Bouchard no se hizo esperar, ordenó el asalto sobre la Misión, enviando 140 hombres y tres piezas de artillería para tomar por la fuerza los suministros necesarios. Los guardianes de la misión se opusieron inicialmente a los atacantes, pero abrumados por su superioridad debieron huir, las tropas corsarias ocasionaron severos daños en las edificaciones, incluyendo la Casa del Gobernador, los almacenes Reales, y barracas.
El 25 de enero de 1819, Bouchard bloqueó el puerto de San Blas y atacó Acapulco de México, para luego iniciar el camino hacia el sur americano. Bajó hacia el Perú siguió hostigando las posiciones españolas sobre el Pacífico. Las naves de Bouchard llegaron el 9 de julio de 1819 al puerto de Valparaíso, justo a tiempo para integrarse a la flota que San Martín preparaba para tomar Lima.